Třetí kolo se losovalo z 32 týmů. Dvacetsedm postoupivších týmů doplnila pětice prvoligových týmů, která byla přihlášena do Evropských pohárů.
V tomto kole odpadá faktor územní příslušnosti. Kluby byly rozděleny do košů na licenční a nelicenční. Licenční kluby byly rozděleny podle úrovně soutěže v probíhajícím ročníku a podle umístění v mistrovských soutěžích v minulém ročníku na nasazené a nenasazené. Nelicenční kluby byly losovány proti licenčním z koše nasazených a jsou vždy pořadatelem utkání. Po vyčerpání nelicenčních klubů se losovaly dvojice z licenčních klubů (nasazených proti nenasazeným). Los určí pořadatele. Pokud by ve třetím kole bylo méně než 16 licenčních klubů, byly by zbývající dvojice tvořeny z nelicenčních klubů.
Los 3. kola MOL Cupu
Litoměřicko - Baník Ostrava, Hlučín - Viktoria Plzeň, Zápy - Mladá Boleslav, Králův Dvůr - Jablonec, Tachov - Zlín, Velké Meziříčí - Dukla Praha, Písek - Liberec, Chrudim - Slavia, Hulín - Bohemians Praha 1905, Sparta Praha - České Budějovice, Vlašim - Hradec Králové, Pardubice - Jihlava, Karviná - Prostějov, Slovácko - Opava, Sigma Olomouc - Táborsko, Ústí nad Labem - Zbrojovka Brno.
Záznam losu 3. kola MOL Cupu