Novinkou pro tento ročník je úprava herního systému. Domácí pohárová soutěž opouští starý model a tento ročník pojme ve stejném duchu jako země s pohárovou tradicí.
Nejvýraznější změnou je, že odpadají odvetné zápasy, které se hrály počínaje osmifinále.
Při nerozhodném výsledku se nastavuje 2x15 minut a až poté následují pokutové kopy.
Další změnou je, že se nebude hrát podle takzvaného "pavouka". Rozdělení do jednotlivých dvojic bude určen povětšinou losem podle těchto pravidel:
Předkolo a první kolo
Účastní se povinně kluby druhé ligy (od 1. kola), dále se mohou přihlásit kluby z ČFL, MSFL, divizí a vítězové krajských pohárových soutěží.
Předkolo a první kolo losují zvlášť řídící orgány podle územní příslušnosti, tedy Čechy a Morava. Účastník nižší soutěže je vždy pořádajícím klubem, pokud jde o souboj klubů ze stejné úrovně, je pořadatel vylosován.
Druhé kolo
Účastní se povinně 11 klubů nejvyšší soutěže a 43 postupujících z 1. kola.
Los je rozdělí do 27 dvojic. Kluby jsou rozděleny do košů na licenční (I. a II. liga) a nelicenční. Každý koš je ještě rozdělen podle územní příslušnosti. Losovány budou dvojice: nelicenční klub, který se stává pořadatelem, proti klubu licenčnímu. V případě, že koš licenčních klubů zůstane prázdný, losují se dvojice z koše nelicenčních klubů, prvně vylosovaný, bude hrát doma. Znamená to, že licenční kluby na sebe v této fázi nemohou narazit.
Třetí kolo (posledních 32)
Účastní se pětice prvoligových klubů, která byla přihlášena do evropských pohárů, a 27 postupujících z druhého kola.
Odpadá faktor územní příslušnosti. Kluby jsou rozděleny do košů na licenční a nelicenční. Licenční kluby jsou rozděleny podle úrovně soutěže v probíhajícím ročníku a podle umístění v mistrovských soutěžích v minulém ročníku na nasazené a nenasazené. Nasazených je zpravidla 16. Nelicenční kluby jsou losovány proti licenčním z koše nasazených a jsou vždy pořadatelem utkání. Po vyčerpání nelicenčních klubů se losují dvojice z licenčních klubů (nasazených proti nenasazeným). Los určí pořadatele. Pokud by ve třetím kole bylo méně než 16 licenčních klubů, byly by zbývající dvojice tvořeny z nelicenčních klubů.
Čtvrté kolo (osmifinále)
Účastní se šestnáct postupujících klubů.
Odpadá rozdělení na licenční a nelicenční kluby. Účastníci jsou rozděleni do dvou košů podle úrovně soutěže v probíhajícím ročníku a podle umístění v mistrovských soutěžích v předcházejícím ročníku. Osm nenasazených bude losováno proti osmi nasazeným. Pořadatel utkání je určen bez ohledu na to zda, jde o licenční nebo nelicenční klub i bez ohledu na nasazení.
Čtvrtfinále
Účastní se osm postupujících klubů.
Podle stejných kritérií jako v osmifinále jsou čtvrtfinalisté rozděleni na čtyři nasazené a čtyři nenasazené. Pořadatel utkání je určen bez ohledu na to, zda jde o licenční nebo nelicenční klub i bez ohledu na nasazení.
Semifinále
Účastní se čtyři postupující kluby.
Losuje se bez nasazení, pořadatelem utkání je prvně vylosovaný klub.
Finále
Postupující dvojice hraje finále, jehož pořadatelem je FAČR. Řídící soutěže vybere stadion splňující bezpečnostní kritéria.
Všechna 4. kola včetně předkola jsou naplánována na podzimní část sezony. Finále je naplánováno na 17. května 2017.
Orientační termíny všech kol:
24. 7. 2016: Předkolo
30. 7.: 1. kolo
10. 8.: 2. kolo
21. 9.: 3. kolo
26. 10.: 4. kolo
5. 4. 2017: Čtvrtfinále
26. 4.: Semifinále
17. 5.: Finále
Více se dočtete na stránkách MOL Cupu ZDE.